食品工場における汚れは、ほとんどが食品です。
　具体的にはでんぷん・タンパク質、油脂や色素等ですが、それぞれ種類別に汚れの特徴と対処方法があります。

　汚れと洗浄度合いを測定するために従業員や調理器具・設備・備品に対し拭き取り検査をを行います。
　ここでは具体的な拭き取り手法を掲載。

　洗浄は、溶解力・化学反応力・酵素力などの化学的エネルギーと摩擦、攪拌、噴射などの動的エネルギーと熱的エネルギーの３つのエネルギーと洗浄時間の相互作用によって行われます。

　洗浄剤の選定や使用濃度・温度・時間等も衛生管理の大事な条件ですが、さらに「効果的な機材」や「物理的効果を併用すること」も重要なポイントです。
　 ここでは、その代表的な例である発泡洗浄、高圧・高温洗浄機、ブラッシング洗浄の３つについてご説明します。

　代表的な殺菌剤である次亜塩素酸ナトリウム、第4級アンモニウム塩（逆性石鹸）、ヨードホール、両性界面活性剤の長所と短所を紹介。

　黄色ブドウ球菌、下痢原性大腸菌、サルモネラ属菌、セレウス菌、腸炎ビブリオ、ボツリヌス菌、ノロウイルス、コレラ菌、赤痢菌等微生物の消毒剤（グルタルアルデヒド、消毒用アルコール、クレゾール石鹸、次亜塩素酸ナトリウム、ヨードホール、過酢酸等）に対する一般的な態度を表にまとめました。

　芽地形戌細菌は物理的・化学的処理に対して極めて強い耐久性を示す芽胞を形成するが、これらはしばしば通常の食品製造過程での殺菌処理後でも残存する。芽胞形成細菌として、バチラス属（Bacillus）クロストリジウム属（Clostridium）、Desulfotomaculum属、Sporolactobacillus属などがあり、これらはいずれも食品汚染徹生物として問題を引き起こす。